Kriza bi lahko kaj kmalu prerasla v državljansko vojno. Nova ustava je predsedniku Jelcinu dodelila precej večja pooblastila, z zlomom opozicije pa so na politično sceno stopili novi vodje, večina katerih še danes sedi v ruski vladi in parlamentu.
Ustavna kriza je svoj vrhunec doživela jeseni 1993. Po ustavi je vrhovni organ v državi predstavljal parlament – Kongres narodnih poslancev, ki je bil izvoljen leta 1990. Predsednik Boris Jelcin, ki je bil izvoljen leta 1991, brez soglasja parlamenta ni mogel imenovati premierja niti razpustiti parlamenta, če bi slednji blokiral predsednikov odlok o imenovanju premierja. Tako se je zgodilo, da prvi postsovjetski ruski premier Jegor Gajdar, pod vodstvom katerega je bila leta 1992 ukinjena državna regulacija cen, sploh ni zasedel funkcije z odobritvijo parlamenta, zato je bil tekom svojega mandata le »vršilec funkcije« premierja.
Decembra 1992 je parlament zavrnil potrditev Gajdarja za premierja (predsednika vlade), zato bi Gajdar moral odstopiti. Do takrat je sicer postal že precej nepriljubljen pri državljanih, saj so ga okrivili za hiperinflacijo in posledično nižanje plač ter izgubo vrednosti njihovih prihrankov. Na drugi strani je simpatije ljudstva pridobival parlament. Člani parlamenta so že marca 1993 poskušali odstaviti Borisa Jelcina (tudi njegova priljubljenost je padala) zaradi kršenja ustave, kar pa se ni zgodilo, saj v parlamentu niso dosegli potrebne dvotretjinske večine. Podobno je propadel tudi referendum o zaupnici predsedniku in parlamentu, ki je bil organiziran aprila.
Jeseni 1993 je Jelcin začel svojo ofenzivo. 20. septembra je podpisal ukaz o razpustitvi parlamenta, že naslednjega dne pa so člani parlamenta v odgovor razglasili predsednikov ukaz za neustaven in v zameno Jelcina razrešili z dolžnosti ter za voditelja države razglasili podpredsednika Aleksandra Ruckoja. Po tem so moskovsko Belo hišo (sedež parlamenta) odklopili z električnega in vodovodnega omrežja, poslopje pa so obkolili policijski kordoni in pritisnili na člane parlamenta, da zapustijo stavbo in se predajo.
Stanje napetosti je trajalo skoraj dva tedna, vse do 3. oktobra. Po množičnih demonstracijah privržencem parlamenta ni uspelo prebiti policijskega kordona okoli ruske Bele hiše. Aleksander Ruckoj je množico pozval, naj zavzame mestno skupščino in TV-center Ostankino. Oba poskusa sta bila preprečena, naslednje jutro pa so v Moskvo vstopile vojaške enote, ki so bile zveste Jelcinu in so začele s tanki obstreljevati Belo hišo. Po različnih virih je bilo žrtev tega incidenta med 123 in 157. Podpredsenik Ruckoj in vodje parlamenta so bili zajeti, vendar so jih februarja naslednjega leta že izpustili z odlokom o amnestiji, s katerim so poskušali pomiriti situacijo.
Decembra 1993 je bila na referendumu sprejeta nova ustava, organizirane so bile tudi nove parlamentarne volitve. Nova ustava je razširila predsednikova pooblastila. Od takrat vseh višjih uradnikov ni več mogoče imenovati brez predsednikovega soglasja, predsedniški ukazi pa so postali zakon. Parlament je postal dvodomen: v spodnji dom, državno Dumo, so voljene politične stranke, zgornji dom, Svet federacije, pa predstavljajo predstavniki regij.
Poleg Kongresa narodnih poslancev in Vrhovnega sovjeta, ki je izvrševal funkcije parlamenta med posameznimi zasedanji Kongresa, so bili v oktobru 1993 ukinjeni tudi drugi sovjeti na različnih nivojih, od regionalnih do lokalnih.
Na volitvah v državno Dumo leta 1993 sta parlamentarni prag 5 % presegli Komunistična partija Rusije na čelu z Genadijem Zjuganovom, ki se je razglašala za obnovljeno naslednico Komunistične partije Sovjetske zveze, in Liberalno-demokratska stranka Vladimirja Žirinovskega, ustanovljena leta 1992. Od takrat sta obe stranki neprekinjeno v parlamentu, čeprav nikoli nista imeli večine.
Dogodki jeseni 1993 so utrdili moč izvršne oblasti nad ostalimi organi in onemogočili, da bi se v Rusiji razvila parlamentarna republika. Po mnenju enega od avtorjev ruske ustave leta 1993 in podpredsednika sklada Indem Mihaila Krasnova je bilo to takrat upravičeno, saj naj parlamentu ne bi bilo potrebno odstaviti predsednika za to, da bi se uvedle reforme, toda obenem pravi, da bi bilo danes potrebno to »prehodno ustavo« spremeniti: »Predsednik mora zadržati vlogo stabilizatorja, vlada pa bi morala zavzeti smer, ki jo določi parlament, in mu tudi odgovarjati.«
Obstajajo tudi drugačna mnenja. Za Rusijo je sistem parlamentarne republike tuj, medtem ko ji je »domača« močna vloga predsednika ali monarha, meni direktor Vseruskega centra za proučevanje javnega mnenja (VCIOM) Valerij Fjodorov. »Ruska politika po svoji naravi ne sprejema konkurence. Čim se ta pojavi, ima destruktiven značaj. Zato tako elita kot ljudstvo bežijo od take konkurence in iščejo vodjo, ki je sposoben združiti vse.«